1.     MEGA (The Molecular Evolutionary Genetics Ananlysis software)

DNA 바코드 분석에 가장 많이 사용되는 프로그램으로 유전자 서열 정렬 프로그램인 Clustal W가 내장되어 있어 유전자 분석에 편리하게 사용될 수 있다.

2.     PAUP (Phyologenetic Analysis Using Parsimony)

유전자를 활용한 계통분석에 가장 널리 사용되는 프로그램으로 최소가정의 법칙을 기반으로 한 Maximum Parsimony 분석법과 유전자 진화 모델을 기반으로 한 Maximum Likelihood 분석법을 실행할 수 있다.

3.     Modeltest

분석하고자 하는 유전자 서열에 적용할 유전자 진화 모델 산출 프로그램으로 PAUP을 기반으로 실행할 수 있다.